蔡云鹏（Cai Yunpeng），中心执行主任，博士，研究员，博士生导师。 中国科学院深圳先进技术研究院 生物医学信息技术研究中心执行主任、 广东省健康大数据分析技术工程中心主任、深圳市健康大数据分析技术工程实验室主任。
主要研究方向为生物信息学、健康信息学、医学健康大数据挖掘及医疗人工智能。 2001年毕业于清华大学工程物理系，2007年于清华大学计算机科学与技术系获得博士学位，2007年至2011年在美国佛罗里达大学生物技术多学科研究中心从事博士后研究，2011年6月起加入中国科学院深圳先进技术研究院。现任中国科学院深圳先进技术研究院生物医学信息技术研究中心执行主任、健康大数据智能分析技术国家地方联合工程实验室副主任、广东省健康大数据分析技术工程中心主任、深圳市健康大数据分析技术工程实验室主任。已发表学术论文一百四十余篇，包括作为主要作者在Nature Biomedical Engineering, Nucleic Acids Research, Briefings in Bioinformatics 、IEEE Trans NNLS、IEEE TOC、IEEE ICDE等生物信息和机器学习顶级期刊上的多篇论文，已获得授权发明专利48项，软件著作权6项。主持广东省应用型科技研发专项、国家科技支撑计划（子课题）、中科院先导专项课题等项目，曾担任国家863计划课题副组长。作为参与人获广东省科学技术奖二等奖2项、深圳市技术发明一等奖、中华医学会卫生管理奖各一项。担任SCI期刊Health Information Science and Systems、Frontiers in Computational Neurology编委，中国计算机学会生物信息专委会委员、中国人工智能学会生信与人工生命专委会委员。
联系方式：yp.cai@siat.ac.cn
教育经历：
2001.09-2007.01 清华大学 计算机科学与技术专业 博士
1997.09-2001.07 清华大学 工程物理专业 本科
研究工作经历：
2011.06－至今 中国科学院深圳先进技术研究院 副研究员，研究员,中心执行主任
2010.05-2011.04 美国佛罗里达大学 生物技术多学科联合研究中心 博士后
2007.11-2010.05 美国佛罗里达大学 电子与计算机工程系 博士后
代表性学术论文：
1. Bridging the Interpretability Gap for Medical AI Models using Class-Association Manifold Learning, R Xie, X He, L Jiang, MH Wang, J Chen, R Xiao, J Tang*, YPan*, Y Cai*, Nature Biomedical Engineering, 2026
2. Translating black-box medical AI models into interpretable global decision logic, Y Cai* and R Xie, Nature Biomedical Engineering，2026 (为[1]的Research Briefings邀稿）
3. Weakly Supervised Lesion Localization and Attribution for OCT Images with a Guided Counterfactual Explainer Model，L Jiang, R Xie, B Yang, J He, H Huang, Y Pan, Y Cai*，Expert Systems with Applications, 287,128129,2025
4. Automated Learning of Semantic Embedding Representations for Diffusion Models, L Jiang, Y Cai*. Proceedings of the 2025 SIAM International Conference on Data Mining (SDM), 1-10
5. ProtChat: An AI Multi-Agent for Automated Protein Analysis Leveraging GPT-4 and Protein Language Model, H Huang, X Shi, H Lei, F Hu, Y Cai*, Journal of Chemical Information and Modeling, 65, 1, 62–70, 2025
6. Accurate Explanation Model for Image Classifiers using Class Association Embedding. R Xie, J Chen, L Jiang, R Xiao, Y Pan*, Y Cai*. IEEE ICDE 2024 (CCF-A类会议)
7. Graph Polish: a novel graph generation paradigm for molecular optimization. Ji C, Zheng Y, Wang R, Cai Y*, Wu H*. IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems 34 (5), 2323-2337. 2021
8. Smoothness Sensor: Adaptive Smoothness-Transition Graph Convolutions for Attributed Graph Clustering. Ji C, Chen H, Wang R, Cai Y*, Wu H*. IEEE Transactions on Cybernetics 52 (12), 12771-12784. 2021
9. Accurate Prediction of Coronary Heart Disease for Patients With Hypertension From Electronic Health Records With Big Data and Machine-Learning Methods: Model Development and Performance Evaluation, Z Du, Y Yang, J Zheng, Q Li, D Lin, Y Li, J Fan, W Cheng, XH Chen, Y Cai*, JMIR medical informatics 8 (7), e17257, 2020 (引用115次)
10. ESPRIT-Forest: Parallel clustering of massive amplicon sequence data in subquadratic time, Y Cai*，W Zheng, J Yao, Y Yang, V Mai, Q Mao, Y Sun*, PLOS Computational Biology 13 (4), e1005518, 2017
11. Oversampling method for imbalanced classification. Z Zheng, Y Cai*, Y Li*. Computing and Informatics. 2015 (引用309次)
12. A large-scale benchmark study of existing algorithms for taxonomy-independent microbial community analysis. Y Sun*#, Y Cai#, S Huse, R Knight, W Farmerie, X Wang, V Mai. Briefings in bioinformatics. 2012 (引用206次)
13. ESPRIT-Tree: hierarchical clustering analysis of millions of 16S rRNA pyrosequences in quasilinear computational time. Y Cai, Y Sun *. Nucleic acids research. 2011 (引用195次)
14. Advanced computational algorithms for microbial community analysis using massive 16S rRNA sequence data. Y Sun*#, Y Cai#, V Mai, W Farmerie, F Yu, J Li, S Goodison. Nucleic acids research. 2010
15. ESPRIT: estimating species richness using large collections of 16S rRNA pyrosequences. Y Sun*#, Y Cai#, L Liu, F Yu, M Farrell, W McKendree, W Farmerie. Nucleic acids research. 2009. (引用353次)
16. The hindgut lumen prokaryotic microbiota of the termite Reticulitermes flavipes and its responses to dietary lignocellulose composition. DG Boucias, Y Cai, Y Sun, VU Lietze, Verena-Ulrike，R Sen, R Raychoudhury, ME Scharf. Molecular ecology. 2013 (引用160次)
17. Multiscaled Fusion of Deep Convolutional Neural Networks for Screening Atrial Fibrillation From Single Lead Short ECG Recordings. X Fan, Q Yao, Y Cai, F Miao, F Sun, Y Li. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics. 2018 (引用365次，ESI高引)
获奖列表：
1.健康大数据智能分析关键技术与应用, 广东省人民政府, 科技进步, 省部二等奖, 2023 (李烨，蔡云鹏，郑静，尹凌，吴永胜，吴晓琳，王如心，王艺元，杨玉洁，刘增丁)
2. 穿戴式信息连续监测与分析技术及系统, 广东省人民政府, 科技进步, 省部二等奖, 2018(李烨; 苗芬; 樊小毛; 王俊; 蔡云鹏; 周小林; 何青云; 孙方敏)
3. 基于基层医疗机构的低成本健康创新技术及集成应用, 深圳市人民政府, 科技进步, 省部一等奖, 2019 (樊建平; 周树民; 吕建成; 毕亚雷; 王战会; 蔡云鹏; 陈艳; 吴丹; 游璠; 杨忠波; 刘记奎; 李奇; 张南南; 李景振; 何建春)
4. 中华医学科技奖卫生管理奖 - 深圳卫生信息大数据平台构建与应用, 中华医学会, 科技进步, 2021 (林德南; 郑静; 李烨; 蔡云鹏; 王爽; 杨玉洁; 陈润格; 崔书亭)
主持的代表性项目列表：
项目来源 | 经费(万元) | 项目名称 | 起止时间 |
中国科学院先导计划（课题负责人） | 829 | 智能元件设计模型 | 2025-2026 |
中国科学院先导计划（课题负责人） | 300 | 新型生物医学研究支撑系统的数据与知识整合研究服务体系 | 2020-2025 |
国家科技重大专项（单位负责人） | 80 | 时空与模态异构跨病种SDB队列的融合建模和挖掘分析 | 2025-2029 |
国家科技支撑计划（单位负责人） | 125 | 缺血性脑血管病和脑肿瘤防治关键技术研究 | 2015-2017 |
国家自然科学基金 | 70 | 面向进化基因组学的高通量测序数据流形建模 | 2015-2018 |
国家自然科学基金 | 20 | 基于伪度量空间分割树的超高深度测序比对处理与定量基因组学分析 | 2013-2015 |
广东省应用型科技研发专项 | 500 | 穿戴式睡眠监测与夜间心脑血管事件预警系统 | 2016-2018 |
中国科学院科技服务网络（子课题负责人） | 98 | 运动促进健康技术服务网络与典型行业应用示范 | 2016-2018 |
深圳市发改委 | 500 | 健康大数据分析技术工程实验室 | 2016-2018 |
深圳市海外高层次人才创新创业计划 | 100 | 脑卒中基因表达谱的系统生物学研究及应用 | 2014-2015 |
深圳市科创委深港创新圈 | 300 | 基于多源数据的精准健康管理方法与系统 | 2021-2013 |
深圳市科创委技术攻关(单位负责人) | 125 | 面向代谢疾病的肠道菌群分析关键技术研发 | 2017-2019 |
