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殷鹏

     殷鹏(Peng Yin),博士,副研究员,博导。

   

殷鹏,博士生导师。研究方向为生物医学大数据,计算生物学,多组学人工智能算法研究等。在国际著名期刊Lancet Respiratory Medicine、Briefings in Bioinformatics、Statistical Methods in Medical Research和一流国际会议发表文章几十余篇并多次获优秀论文奖,申请国内发明专利20项,PCT专利3项。2017年回国在深圳先进院工作;主持国家自然科学基金1项,承担中科院先导B、中科院STS重点项目子课题,主持深圳市科创委项目多项,产学研“体感创新联合实验室”负责人。中国医促会健康大数据和数字化医疗分会青年委员,中国计算机学会、深圳人工智能协会会员。

课题组以生物医学大数据作为主要研究方向,利用统计模型和机器学习方法,对医学大数据进行数据分析、数据挖掘,以发现疾病风险因子(环境因素)、生物标志物(遗传因素)、药物靶标(病因发现)为主要研究目标。充分利用多维度、多模态的健康医疗数据,对疾病表型进行关联分析。

工作经历:

1.  2017-至今 中国科学院深圳先进技术研究院,生物医学信息研究中心,PI,博士生导师

2.  2014 -2017 英国利物浦大学,生物统计系,博士后,合作导师:Prof Andrew P Morris, Prof Andrea Jorgensen, Prof Sir Munir Pirmohamed

教育经历:

1.  2009/10 -2014/2, 英国纽卡斯尔大学,统计学博士,导师:史建清

2.  2005/9-2009/7, 中国科学技术大学,统计学,理学学士

学术任职:

中国医促会健康大数据和数字化医疗分会 青年学术部委员

CCF中国计算机协会会员、深圳市人工智能协会会员

科研项目:

1.  国家自然科学基金青年项目(主持),基于偏差估计的协变量不可忽略缺失数据敏感性分析研究,2019-2021,结题。

2.  中国科学院战略性先导科技专项(B类),多维大数据驱动的中国人群精准健康研究,数据挖掘、计算与分析系统,2020.1-2024.12,1700万,在研,子课题负责人。

3.  中国科学院科技服务网络计划重点项目(子课题负责人),基于大数据的慢性病风险防控服务体系建设,2019-2020,结题。

4.  广东省科技项目,粤港澳人机智能协同系统联合实验室,在研。

5.  深圳市基础研究项目(主持),基于健康大数据的心血管高危因素挖掘与风险评估,2018-2021,300万,在研。

6.  深圳市基础研究项目(co-PI),肿瘤细菌治疗机理的蛋白质组学研究,2018-2021,200万,结题。

7.  深圳市基础研究项目(co-PI),面向健康养老的多模态智能监护关键技术研究,2018-2021,结题。

8.  体感创新联合实验室,GOSO + 投石科技企业联合实验室,在研。

研究成果:

[1]    Fan Hu#, Lei Wang#, Yishen Hu, Dongqi Wang, Weijie Wang, Jianbing Jiang, Nan Li, Peng Yin(*). A Novel Framework Integrating AI Model and Enzymological Experiments Promotes Identification of SARS-CoV-2 3CL Protease Inhibitors and Activity-based Probe. Briefings in Bioinformatics. bbab301,  https://doi.org/10.1093/bib/bbab301. 2021 IF=11.622

[2]    Fan Hu#, Jiaxin Jiang#, Dongqi Wang, Muchun Zhu and Peng Yin(*). MultiPLI: interpretable multi‐task deep learning model for unifying protein–ligand interaction datasets. Journal of Cheminformatics. 2021. 13: 30. (JCR Q1) IF=5.514

[3]    Wang, P., Li, Q., Yin, P(*) et al. A convolution neural network approach for fall detection based on adaptive channel selection of UWB radar signals. Neural Comput & Applic (2022). https://doi.org/10.1007/s00521-021-06795-w. IF=5.606

[4]    Zhu M#, Yin P(#*), Hu F, Jiang J, Yin L, Li Y, Wang S. Integrating genome-wide association and transcriptome prediction model identifies novel target genes for osteoporosis. Osteoporos Int. 2021 Dec;32(12):2493-2503. (JCR Q1) IF=4.507

[5]    Yin, P.#, Meng, J. #, Chen, J. # et al. Antiviral drugs arbidol and interferon alpha-1b contribute to reducing the severity of COVID-19 patients: a retrospective cohort study. Virol J 18, 142 (2021). https://doi.org/10.1186/s12985-021-01617-w. IF=4.099

[6]     Yin P. and Shi J.Q(*). Simulation-based sensitivity analysis for non-ignorably missing data. Statistical methods in medical research. JAN 2019. 28(1):289-308. (JQR Q1)

[7]    Susceptibility to corticosteroid-induced adrenal suppression: a genome-wide association study. Daniel B Hawcutt; Ben Francis; Daniel F Carr; Andrea L Jorgensen; Peng Yin; Naomi Wallin; Natalie O’Hara; Eunice J Zhang; Katarzyna M Bloch; Amitava Ganguli; Ben Thompson; Laurence McEvoy; Matthew Peak;, Andrew A Crawford; Brian R Walker; Joanne C Blair; Jonathan Couriel; Rosalind L Smyth; Munir Pirmohamed(*). Lancet Respiratory Medicine. JUN 2018. 6(6): 442-450. (JQR Q1, IF=30.70)

[8]    DeepBindRG: a deep learning based method for estimating effective protein–ligand affinity. Haiping Zhang, Linbu Liao, Konda Mani Saravanan, Peng Yin(*) and Yanjie Wei(*).PeerJ. 2019; 7:e7362. (JCR Q2)

[9]    Prediction of potential commercially inhibitors against SARS-CoV-2 by multi-task deep model, Fan Hu, Jiaxin Jiang, Peng Yin*; arXiv, 2020 (Cited by 40).

[10]             Yang SX, Zhao WJZhu MC, et al. and Yin P., Li N. Tumor Temporal Proteome Profiling Reveals the Immunological Triple Offensive Induced by Synthetic Anti-Cancer Salmonella. Front. Immunol.,12, 3350. 2021. (JQR Q1) https://doi.org/10.3389/fimmu.2021.712936.

[11]             Investigating the prevalence, predictors and prognosis of suboptimal statin therapy early after a non-ST elevation acute coronary syndrome. Turner, R. M. (*); Yin, P.; Hanson, A.; FitzGerald, R.; Morris, A. P.; Stables, R.; Jorgensen, A. L. and Pirmohamed, M.. Journal of Clinical Lipidology. 2017; 11(1):204-214.  (JQR Q1)

[12]             Clinical predictors of proteinuric remission following an LN flare - evidence from the UK JSLE cohort study. Smith E.M.D. (*); Yin P.; Jorgensen A.L.; Beresford M.W.. Pediatric Rheumatology. FEB 2018. 21;16(1):14. (JQR Q1)

[13]             Transcriptome-Wide Association Study Identifies Novel Candidate Genes Associated with Osteoporosis. Muchun Zhu, Peng Yin(*). 美国ASHG会议2019.

[14]             Multivariate Time Series Missing Data Imputation Using Recurrent Denoising Autoencoder. Jianye Zhang; Peng Yin*. 美国 BIBM 2019. (CCF B)

[15]             Interpretable Prediction of Protein-Ligand Interaction by Convolutional Neural Network. Fan Hu; Jiaxin Jiang; Peng Yin*.美国 BIBM 2019. (CCF B)

[16]             Generating Novel Compounds Targeting SARS-CoV-2 Main Protease Based On Imbalanced Dataset, Fan Hu, Dongqi Wang, Yishen Hu, Jiaxin Jiang and Peng Yin*. 2020 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM). IEEE, pp 432-436. (CCF B)

[17]             Structure Enhanced Protein-Drug Interaction Prediction using Transformer and Graph Embedding, Fan Hu, Yishen Hu, Dongqi Wang, Jiaxin Jiang, Peng Yin*; 2020 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM) Seoul (online) 2020, pp 1010-1014. (CCF B)

 

授权发明专利:

Ø  殷鹏; 周家岐; 集合间相似度的确定方法和装置, 2020-5-19, 中国, ZL201711317249.5. (专利)

Ø  朱木春; 殷鹏; 艾红; 胡帆; 骨密度性状遗传力分析方法及装置, 2020-9-22,中国, ZL201811551760.6. (专利


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